Растущая устойчивость к антибиотикам — одна из самых больших угроз, с которыми сталкивается мир. Поскольку обычные бактерии, такие как стрептококк и сальмонелла, становятся устойчивыми к лекарствам, болезни, ранее легко поддающиеся лечению, теперь могут создавать серьёзные медицинские проблемы.
Новое исследование Университета Джорджии (UGA) показывает, что у продуктивных животных может быть больше устойчивых к противомикробным препаратам сальмонелл, чем считали ранее.
Исследовательница Никки Шариат, доцент кафедры здоровья населения Колледжа ветеринарной медицины UGA, и Эми Сиселофф, аспирантка первого курса отделения микробиологии, используя разработанную ими технологию CRISPR-SeroSeq, обнаружили, что традиционные методы культивирования, используемые для проверки домашнего скота на наличие проблемных бактерий, часто пропускают лекарственно-устойчивые штаммы сальмонеллы. Это открытие имеет значение для лечения больных продуктивных животных и людей, которые могут заболеть от заражённого мяса.
Исследование, опубликованное в журнале «Противомикробные препараты и химиотерапия» (Antimicrobial Agents and Chemotherapy), показало, что 60% образцов фекалий крупного рогатого скота содержали несколько штаммов сальмонеллы, которые не учитывались традиционными методами тестирования. Что ещё более тревожно, Шариат обнаружила, что примерно каждый десятый образец показывал положительный результат при тестировании на лекарственно-устойчивый штамм сальмонеллы под названием Salmonella Reading. Помимо устойчивости к антибиотикам, Salmonella Reading может вызывать у людей тяжёлые заболевания.
Метод CRISPR-SeroSeq, разработанный Никки Шариат в 2015 году, позволяет исследователям анализировать все штаммы сальмонелл, присутствующие в данном образце. Традиционные методы исследуют только одну или две колонии бактерий, при этом некоторые штаммы сальмонелл могут оказаться незамеченными. Новая технология идентифицирует молекулярные сигнатуры в областях CRISPR сальмонеллы, специализированной части ДНК бактерий. Это также помогает исследователям определить, какие штаммы бактерий наиболее распространены.
В текущем исследовании Шариат и её коллеги обнаружили несколько штаммов сальмонелл в кале крупного рогатого скота до того, как животных пролечили тетрациклином. После лечения несколько доминирующих штаммов сальмонеллы в образцах исчезли, и тогда стало возможно выявить и другие виды сальмонеллы, неуязвимые для антибиотика и незамеченные при обычном методе исследований.
По словам доктора Шариат, для поиска резистентных бактерий специалистам необходимо знать их профили устойчивости к противомикробным препаратам. Это повлияет на выбор типа антибиотика, который будет использован для лечения больных животных, или даже пострадавших от заражённого мяса людей.
Агентства, отслеживающие устойчивость к противомикробным препаратам, такие как FDA, USDA и CDC, по-прежнему полагаются на традиционные методы отбора проб, что означает, что у них могут отсутствовать образцы устойчивых к лекарствам бактерий.
«Проблема в том, что у вас есть сотни колоний сальмонелл в данном образце, но вы выбираете только одну или две из них для тестирования», — говорит исследовательница. «Это превращается в игру с числами, в которой исследователи выбирают только самые распространённые из штаммов и недооценивают другие присутствующие в образце типы сальмонелл».
Использование CRISPR-SeroSeq может помочь заполнить этот пробел в знаниях, давая исследователям лучшее представление о количестве устойчивых к антибиотикам бактерий. Эта информация может помочь животноводам сокращать и контролировать вспышки заболеваний, а также определять политику борьбы с растущей угрозой общественному здоровью.
Источник: phys.org
